La storia di Villa della Pergola è indissolubilmente intrecciata con la nascita della villeggiatura invernale inglese ad Alassio. Nel 1875 due gentiluomini scozzesi, George Henderson Gibb e il generale William Montagu Scott McMurdo, furono i primi britannici, insieme alle loro famiglie, a trascorrere un intero inverno ad Alassio e a decidere, l'anno seguente, di acquistare due ampi terreni - il Parco Fuor del Vento e il Molino di Sopra - sulla collina di Alassio, in località Costa.

Su una preesistente residenza dei Conti della Lengueglia, il generale McMurdo edificò il Villino della Pergola e lo chiamò "Casa Napier" in onore del suocero, il generale Sir Charles Napier, la cui statua si trova a Londra a Trafalgar Square.

Il Villino, progettato e costruito secondo i canoni ed il gusto anglo-indiano, ossia lo stile architettonico amato dagli inglesi che avevano vissuto per gran parte della loro vita in India come militari, funzionari civili o uomini d'affari, fu costruito su tre livelli e venne dotato di un ampio loggiato, esattamente come era abitudine fare, in quegli stessi anni, per le case inglesi costruite in India e Malesia per i funzionari dell'Impero Britannico.

Nel 1880 la famiglia McMurdo diede inizio ai lavori di Villa della Pergola. Questo edificio, di dimensioni maggiori rispetto al primo e in una posizione leggermente meno elevata, fu costruito seguendo invece un gusto eclettico: riproponendo cioè nuovamente un ampio loggiato, ma inserendo al contempo elementi di maggior pregio e sfarzo come la cupola rivestita in maioliche policrome di Albisola, il profluvio di marmi e la fontana in prossimità dello scalone.

Opera della famiglia McMurdo fu anche la progettazione del parco.
Pensato inizialmente come naturale continuazione degli ambienti interni delle ville verso il sole e la flora del Mediterraneo, il parco venne sviluppato su più livelli terrazzati, seguendo l'andamento naturale della collina e facendo spazio, tra uliveti e aranceti, alle palme delle Canarie, Washingtonie, Dactilifere e, naturalmente, ai cipressi, omaggio all'amore della colonia anglo-fiorentina per il paesaggio ed i viali toscani.

Quando il generale McMurdo morì a Nizza nel 1894, la proprietà della villa venne ceduta dalla vedova Lady McMurdo e dai figli del generale a Sir Walter Hamilton-Dalrymple, un baronetto scozzese discendente da un'antica e nobile famiglia lealista di North Berwick, in Scozia.

Così, nel 1908, William Scott nella sua guida storico-artistica intitolata "The Riviera" ci descrive la villa: "Una degna rivale dei Giardini della Mortola di Thomas Hanbury si può trovare nella magnifica proprietà di Villa della Pergola, appartenente a Sir Walter Hamilton-Dalrymple, qui un genuino amore per la natura, un'intima conoscenza dell'arte del giardinaggio e un perfetto gusto nella progettazione, uniti a un bilancio attento e generoso, hanno prodotto una delle meraviglie della Riviera".

I Dalrymple mantennero la proprietà della villa per circa vent'anni poi, nel 1922, Sir Hew Clifford Hamilton-Dalrymple, nono baronetto, cedette la dimora a Daniel Hanbury, secondogenito di Sir Thomas Hanbury della Mortola.

Thomas Hanbury, ottimo uomo d'affari e proprietario dei giardini della Mortola, aveva intuito con anticipo le potenzialità di Alassio come stazione climatica invernale, prevedendone la stessa fortuna di Mentone, Bordighera e San Remo e per questo alla sua morte, nel 1907, lasciò al figlio Daniel la direzione delle attività immobiliari intraprese ad Alassio.

La famiglia Hanbury, come è facile intuire, diede uno straordinario impulso al completamento del giardino della Villa, trasportando dall'orto botanico della Mortola varietà di cactacee sudamericane, collezioni di cycas ed eucalipti australiani e altre svariate tipologie di essenze e aumentando significativamente la varietà di specie esotiche del parco della Villa.

Nel 1940, allo scoppio della guerra, la famiglia Hanbury, al pari della maggior parte degli inglesi in Riviera, tornò in Inghilterra. Daniel, rimasto vedovo, sposò in seconde nozze Ruth Hardinge, anch'essa proveniente da una famiglia inglese di Alassio.
Nel 1946 gli Hanbury tornarono ad Alassio per riprendere il lavoro interrotto dalla guerra, ma nel 1948, Daniel morì improvvisamente e con lui si spense il principale artefice del successo di Alassio come stazione climatica invernale d'élite.
Ruth tornò a vivere a Villa della Pergola aggregando intorno a sé una piccola e sparuta colonia di anglo-alassini ormai divenuti l'ombra dei mille English residents prebellici.
Rimasero celebri i suoi parties in primavera, durante la fioritura dei glicini, ai quali erano spesso ospiti, tra gli altri, lo scrittore Cecil Roberts, il quale dedicherà ad Alassio il libro "Portal to Paradise" ed il Vescovo di Gibilterra, che ogni primavera si recava in visita alle comunità anglicane in Riviera soggiornando ad Alassio come ospite di Ruth.

Nel 1925 Alfred Hitchcock girò alcune scene del suo primo film "The pleasure garden" sulla spiaggia di Alassio e nel parco della Villa e, nel 1957, il premio Oscar Guy Green ambientò in Villa della Pergola il film "The Snorkel" con Betta St. John, Peter Van Eyck e Mandy Miller.
Il Villino fu utilizzato come dépendance della sua vicina villa, negli anni sessanta e settanta, dallo scrittore e pittore Carlo Levi che immortalò il paesaggio di Alassio in innumerevoli tele.